La survenue de cas groupés d’infections dues à des bactéries de la même espèce peut être la conséquence de la diffusion épidémique de la même souche ou peut être l’addition de groupes indépendants d’infections dues à des souches différentes.C’est pour distinguer ces deux situations que l’étude des marqueurs épidémiologiques est généralement mise en oeuvre. Ils sont classés en deux grands groupes : Les plus classiques sont les marqueurs phénotypiques qui prennent en compte les caractères exprimés par les microorganismes et les marqueurs génotypiques qui analysent le génome, qu’il soit chromosomique ou non chromosomique.